use AppleScript version "2.4" — Yosemite (10.10) or later
use framework "Foundation"
use scripting additions

property NSMutableArray : a reference to current application’s NSMutableArray

property myNumStep : 1000

tell application "CotEditor"
　　tell front document
　　　　set aSel to contents of selection
　　　　set aSelList to paragraphs of aSel
　　end tell
end tell

–範囲指定がない場合
if length of aSelList = 0 then
　　display dialog "Error: No Selection" buttons {"OK"} default button 1 with icon 2
　　return
end if

–過大な範囲指定チェック
if length of aSelList > 1000 then
　　set bRes to button returned of (display dialog "選択範囲が1000行を超えています。処理に時間がかかることが予想されますが、実行しますか？")
end if

–行頭の数字部分のみ取得して、数字の最小値を取得する
set topNumList to getNumbersAtLineBegennings(aSelList) of me
set minNum to calcIntMinAsStr(topNumList) of me

–行頭部分の数字部分のみリナンバー
set bRes to renumberNumsAtLineBegennings(aSelList, minNum as integer, myNumStep) of me

–1D Arrayを改行コードをデリミタに指定しつつテキスト化
set outStr to retDelimedText(bRes, return) of me

tell application "CotEditor"
　　tell front document
　　　　set contents of selection to outStr
　　end tell
end tell

–行頭に入っている数字の文字のみリナンバー
–実際には行頭判定はまだ行えていない。行頭の番号と文の途中に出てくる数字の区別は「桁数」でのみ行っている
on renumberNumsAtLineBegennings(aSelList as list, firstNum as string, stepNum as number)
　　set aDigit to length of firstNum –桁数
　　copy firstNum to aCount
　　
　　set aRes to {}
　　
　　repeat with i in aSelList
　　　　set j to (contents of i) as string
　　　　set nRes to (getNumberCharsOnlyAtBegening(j) of me) as string
　　　　
　　　　if nRes is not equal to "" then –InputとOutputが違った
　　　　　　set n1Res to removeNumCharsOnly(j, aDigit) of me
　　　　　　set tmpNumStr to zeroPadding(aCount, aDigit) of me
　　　　　　set n1Res to tmpNumStr & n1Res
　　　　　　set aCount to aCount + stepNum
　　　　　　set the end of aRes to n1Res
　　　　else
　　　　　　set the end of aRes to j
　　　　end if
　　end repeat
　　
　　return aRes
end renumberNumsAtLineBegennings

–1D Listの最小値を文字列で返す
on calcIntMinAsStr(aList as list)
　　set nArray to (NSMutableArray’s arrayWithArray:aList)
　　set maxRes to (nArray’s valueForKeyPath:"@min.self")’s intValue()
　　return maxRes as string
end calcIntMinAsStr

–行頭に入っている数字の文字のみ抽出
on getNumbersAtLineBegennings(aSelList as list)
　　set aRes to {}
　　repeat with i in aSelList
　　　　set j to contents of i
　　　　set nRes to getNumberCharsOnlyAtBegening(j) of me
　　　　if nRes is not equal to "" then
　　　　　　set the end of aRes to nRes
　　　　end if
　　end repeat
　　
　　return aRes
end getNumbersAtLineBegennings

–数字のみ返す
on getNumberCharsOnlyAtBegening(aStr as string)
　　set anNSString to current application’s NSString’s stringWithString:aStr
　　set anNSString to anNSString’s stringByReplacingOccurrencesOfString:"[^0-9]{4,}" withString:"" options:(current application’s NSRegularExpressionSearch) range:{0, anNSString’s |length|()}
　　return anNSString as text
end getNumberCharsOnlyAtBegening

–数字のみ削除して返す
on removeNumCharsOnly(aStr as string, aDigit)
　　set anNSString to current application’s NSString’s stringWithString:aStr
　　set anNSString to anNSString’s stringByReplacingOccurrencesOfString:("[0-9]{" & (aDigit as string) & ",}") withString:"" options:(current application’s NSRegularExpressionSearch) range:{0, anNSString’s |length|()}
　　return anNSString as text
end removeNumCharsOnly

–指定桁数で指定の数にゼロパディングして文字列を返す
on zeroPadding(aNum as number, aDigit as number)
　　set aText to "00000000000" & (aNum as text)
　　set aLen to length of aText
　　set aRes to text (aLen – aDigit + 1) thru -1 of aText
　　return aRes
end zeroPadding

–1D Listを指定デリミタをはさみつつテキストに
on retDelimedText(aList as list, aDelim as string)
　　set aText to ""
　　set curDelim to AppleScript’s text item delimiters
　　set AppleScript’s text item delimiters to aDelim
　　set aText to aList as text
　　set AppleScript’s text item delimiters to curDelim
　　return aText
end retDelimedText