property |NSURL| : a reference to current application’s |NSURL|
property PDFActionURL : a reference to current application’s PDFActionURL
property PDFDocument : a reference to current application’s PDFDocument
property PDFAnnotationLink : a reference to current application’s PDFAnnotationLink

set aPOSIX to POSIX path of (choose file of type {"com.adobe.pdf"} with prompt "Choose a PDF with Annotation")
set linkList to replaceLinkURLFromPDF(aPOSIX, "http://www.apple.com/jp", "applescript://com.apple.scripteditor?action=new&script=display%20dialog%20%22TEST%22") of me

on replaceLinkURLFromPDF(aPOSIX, origURL, toURL)
　　set v2 to system attribute "sys2" –> case: macOS 10.12 =12
　　
　　set aURL to (|NSURL|’s fileURLWithPath:aPOSIX)
　　set aPDFdoc to PDFDocument’s alloc()’s initWithURL:aURL
　　set pCount to aPDFdoc’s pageCount()
　　
　　–PDFのページ（PDFPage）でループ
　　repeat with ii from 0 to (pCount – 1)
　　　　set tmpPage to (aPDFdoc’s pageAtIndex:ii) –PDFPage
　　　　
　　　　set anoList to (tmpPage’s annotations()) as list
　　　　if anoList is not equal to {missing value} then –指定PDF中にAnotationが存在した
　　　　　　
　　　　　　–対象PDFPage内で検出されたAnnotationでループ
　　　　　　repeat with i in anoList
　　　　　　　　if v2 < 13 then
　　　　　　　　　　set aType to (i’s type()) as string –to macOS Sierra (10.10, 10.11 & 10.12)
　　　　　　　　else
　　　　　　　　　　set aType to (i’s |Type|()) as string –macOS High Sierra (10.13) or later
　　　　　　　　end if
　　　　　　　　
　　　　　　　　–Link Annotationの削除と同様のサイズでLink Annotationの新規作成
　　　　　　　　if aType = "Link" then
　　　　　　　　　　set tmpURL to (i’s |URL|()’s absoluteString()) as string
　　　　　　　　　　
　　　　　　　　　　if tmpURL = origURL then
　　　　　　　　　　　　set theBounds to i’s |bounds|() –削除する前にLink　Annotationの位置情報を取得
　　　　　　　　　　　　–> {origin:{x:78.65625, y:454.7188}, size:{width:96.96875, height:4.0937}}
　　　　　　　　　　　　
　　　　　　　　　　　　(tmpPage’s removeAnnotation:i) –PDFPageから指定のLink Annotationを削除　　
　　　　　　　　　　　　
　　　　　　　　　　　　set theLink to (PDFAnnotationLink’s alloc()’s initWithBounds:theBounds)
　　　　　　　　　　　　set theAction to (PDFActionURL’s alloc()’s initWithURL:(current application’s |NSURL|’s URLWithString:toURL))
　　　　　　　　　　　　(theLink’s setMouseUpAction:theAction)
　　　　　　　　　　　　(tmpPage’s addAnnotation:theLink)
　　　　　　　　　　　　
　　　　　　　　　　　　log {ii + 1, theBounds, origURL}
　　　　　　　　　　end if
　　　　　　　　end if
　　　　　　end repeat
　　　　end if
　　end repeat
　　
　　return (aPDFdoc’s writeToFile:aPOSIX) as boolean
end replaceLinkURLFromPDF